Molecules: Unterschied zwischen den Versionen
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Aktuelle Version vom 2. September 2022, 10:27 Uhr
Molecules-Extension für MediaWiki
Die Molecules-Extension ist eine Erweiterung für MediaWiki und erlaubt das Management chemischer Moleküle und Reaktionen. Falls Ihr Wiki Anwendungsbereiche aus den Life Sciences bedient, können Ihre Wiki-User diese wichtigen Objekttypen ganz ohne externe Werkzeuge anlegen, verändern und visualisieren. Damit können Sie beispielsweise Laborbücher im Wiki führen und stellen so Ihren Mitarbeitern eine Integrierte Umgebung zur Verfügung, mit der Forschungsergebnisse dokumenteiert, archiviert, und geteilt werden können.
Was kann die Extension?
Mit der Molecules-Extension können Sie Ihre MediaWiki-Installation um die Möglichkeit erweitern, chemische Moleküle und Reaktionen innerhalb per Point-und-Click Interface einzugeben und sie in beliebigen Wikiseiten anzuzeigen.
Die Erweiterung benutzt den weitverbreiteten Molekül-Editor Ketcher 2.0 und bietet eine Reihe von Funktionen:
- Editieren von Molekülen und Reaktionen integriert in den VisualEditor vom MediaWiki
- Unterstützung verschiedener Formate, z.B. Molfile/Rxnfile und SMILES
- Auto-Layout und manuelles Layout wird unterstützt
- Unterstützung verschiedener Bindungstypen
- automatische Berechnung von Metadaten, z.B. International Chemical Identifier (InChI und InchiKey)
- Darstellung von Molekülen und Reaktionen eingebettet in Wiki-Seiten
- automatische Erzeugung von eigenständigen Wiki-Seiten für jedes Molekül
Download
Aktuell können Sie die Extension nur von DIQA beziehen. Bitte kontaktieren Sie uns via Kontaktformular am Ende dieser Seite.
Installation
- Legen Sie im Extension-Verzeichnis ein Unterverzeichnis "Molecules" an und kopieren Sie den Code hinein.
- Fügen Sie die folgenden Zeilen in
LocalSettings.php
ein.
define('NS_MOLECULE', 3300); define('NS_MOLECULE_TALK', 3301); $wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE] = 'Molecule'; $wgExtraNamespaces[NS_MOLECULE_TALK] = 'Molecule_talk'; define('NS_REACTION', 3302); define('NS_REACTION_TALK', 3303); $wgExtraNamespaces[NS_REACTION] = 'Reaction'; $wgExtraNamespaces[NS_REACTION_TALK] = 'Reaction_talk'; wfLoadExtension('ChemExtension');
- Falls Sie Semantic MediaWiki installiert haben und nutzen wollen, fügen Sie auch noch die folgenden Zeilen ein:
$smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_MOLECULE] = true; $smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_REACTION] = true; $smwgNamespacesWithSemanticLinks[NS_TEMPLATE] = true;
Überprüfen der erfolgreichen Installation
Besuchen sie die Spezial:Version
oder Special:Version
Ihres Wikis und finden Sie die
Molecules-Extension in der Liste "weiteren Extensions" mit entsprechender Versionsnummer.
Screenshots
Editor-Ansicht
Ansicht des gerenderten Moleküls auf einer Wikiseite
Kompatibilität
- MediaWiki: mind. Version 1.35.x
- PHP: mind. v7.4.x
- VisualEditor: mind. v0.1.2
- Semantic MediaWiki: mind. v3.2.x
- Molfile v2000 und v3000
Weitere Links
- KETCHER2: https://lifescience.opensource.epam.com/ketcher/#ketcher-2-0
- SMILES: https://daylight.com/smiles/
- VisualEditor: https://www.mediawiki.org/wiki/Extension:VisualEditor
- Semantic MediaWiki: https://www.semantic-mediawiki.org/
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